Serialo „Smolvilas“ antrasis sezonas prasideda ten pat, kur ir baigėsi pirmasis: Kanzaso valstijoje siaučiant tornadams žmonės stengiasi išsigelbėti; kas pasislepia rūsiuose, kas slepiasi mokyklos aktų salėje. Klarkas, besistengdamas išgelbėti Laną, pats papuola į tornado epicentrą. Leksui su Lajoneliu būnant šeimos rūmuose šie pamažu pradeda byrėti ir sužaloja Lajonelį Liutorą. Tornadai baigiasi kosminiam laivui, kuriuo į Žemę atskrido Klarkas, pradedant švytėti. Antrajame serialo sezone Klarkas naujuosius mokslo metus pradeda įgijęs naują gebėjimą – kaitriąją regą – ir turėdamas naują silpnybę – raudonąjį kriptonitą. Jis atskleidžia savo paslaptį Pytui ir toliau kovoja su blogiečiais, užsikrėtusiais žaliuoju kriptonitu. Tačiau, šiais metais didžioji dalis serijų yra skiriama pasakojimui apie Klarko kilmę. Sužinojęs Klarko paslaptį, Pytas tampa labiau artimesnis Kentams. Lana įsikrausto pas Chloją ir Geibą Salivanus po to, kai jos teta išsikrausto su savo naujuoju vyru į Metropolį. Lana susipažįsta ir su savo biologiniu tėčiu – Henriu Smolu. Leksas nuožmiai kovoja su savo tėčiu dėl įmonės „LuthorCorp“ valdymo. Leksas įsimyli ir veda daktarę Heleną Brais. Marta Kent pradeda dirbti Lajoneliui Liutorui, tuo įtempdama šeiminius santykius. Tuo tarpu Chloja bando išspręsti savo prieštaringus jausmus ir sudėtingus santykius su Klarku ir Lana.